该寺亦名三山街礼拜寺，是一座历史悠久的著名清真寺，是南京现存最早的清真寺。
明洪武年间（1368―1399年）敕建，不久被焚毁．宣德五年（1430年）回族著名航海家三保太监郑和准备第六次下西洋的前夕，明宣宗特准郑和的奏请，动用国库资金重建净觉寺。随因朝代更迭等因素，几经毁坏、重修，现存的原建筑已然不多，万幸的是它依然还在，没被时间消磨殆尽。
如今的寺院多为近代重修，砖雕牌坊虽然是当代重建，但上方仍有“敇建”二字，以保持当年风貌。净觉寺现存建筑有院落四进，有望月楼、正殿、后殿、阿訇斋及南北讲堂等。礼拜堂后有高墙一座，相传为明代所建，为南京寺庙中最高的墙壁。如今，净觉寺仍是穆斯林们进行伊斯兰教活动的地方。